Alo dokter. Cara membedakan alergi makanan dan intolerasi bisa dilakukan dari anamnesis terlebih dahulu. Pada alergi makanan biasanya anak akan menimbulkan gejala (diare, muntah, kemerahan, dll) saat diberikan alergen tertentu dan selalu muncul baik dalam jumlah sedikit maupun banyak.. Sementara intoleransi biasanya gejala tidak selalu muncul untuk jenis makanan tertentu (biasanya dipengaruhi oleh jumlah/porsi atau kondisi medis tertentu yang membuat jadi intoleransi). Kemudian selain itu bisa juga dibedakan dari pemeriksaan penunjang seperti tes alergi (IgE spesifik untuk alergi), pemeriksaan feses (pada alergi biasanya normal, sementara intolerasi biasanya ada sisa makanan seperti lemak untuk intoleransi lemak atau laktosa jika ada intolerasi laktosa)