Tidak ada kontraindikasi khusus pada pemeriksaan genitalia pria. Pemeriksaan ini sederhana dan bersifat tidak invasif.

Beberapa pasien dapat merasa tidak nyaman atau cemas. Pemeriksaan genitalia pria juga bisa menginduksi nyeri pada berbagai kondisi medis seperti torsio testis atau epididimitis. Namun, hal ini tidak akan memperburuk kondisi klinis pasien.

Terkadang pasien juga dapat menolak dilakukan pemeriksaan genitalia karena beberapa alasan, seperti belum pernah diperiksa, takut terjadi ereksi, riwayat mengalami pelecehan, atau alasan keagamaan. Memahami alasan penolakan pasien dapat membantu pemeriksa memberikan edukasi atau bernegosiasi kapan dapat melakukan pemeriksaan tersebut. Penggunaan pendamping juga penting untuk dipertimbangkan, baik untuk pasien yang sama atau berbeda jenis kelamin.[2,3]