Patofisiologi recurrent aphthous stomatitis atau RAS kurang lebih sama dengan erosi, yaitu terjadinya kerusakan epitel hingga mencapai stratum korneum atau basalis. Hal ini membuat RAS memiliki ciri khas nyeri dan rasa terbakar yang hebat.[3]

Tahap RAS dibedakan menjadi tiga, yaitu pra-ulserasi, ulserasi, dan penyembuhan. Tahap pra-ulserasi terjadi kurang lebih 1–24 jam, yang ditandai dengan degenerasi sel epitel suprabasalis. Kemudian, tahap ulserasi terjadi pada hari ke-2 hingga waktu sembuh, yang ditandai dengan perluasan inflamasi atau edema, degenerasi jaringan epitel, dan mulai terbentuknya ulser yang diselubungi oleh membran fibrin.[4,5]

Tahap terakhir adalah tahap penyembuhan, yang ditandai dengan regenerasi epitel yang menutupi ulser. Pada tahap penyembuhan, rasa nyeri dan rasa terbakar yang dialami pasien akan berkurang secara drastis.[4,5]