Komplikasi ultrasonografi/USG sinus pada gelombang supersonik untuk pengguna pacemaker adalah gangguan fungsi pacemaker, sehingga dikontraindikasikan pada kelompok ini untuk tujuan terapeutik. Komplikasi diagnostik USG sinus hingga saat ini belum dilaporkan. USG sinus sebagai prosedur diagnostik merupakan prosedur noninvasif dan  tidak memberikan paparan radiasi, sehingga tergolong aman.[2,11]

USG sinus yang digunakan sebagai terapi dapat menimbulkan komplikasi seperti kerusakan sel dan jaringan. Pasien yang menerima terapi ultrasound dengan dosis rendah dalam waktu jangka panjang dapat menimbulkan luka bakar pada kulit yang terpapar. Pasien yang menerima terapi dengan intensitas gelombang tinggi (>20 MHz) dapat terjadi nekrosis jaringan.[2,3,6]