Kontraindikasi irigasi nasal adalah pasien yang memiliki trauma wajah yang belum sembuh atau tidak sembuh secara sempurna, karena larutan salin saat irigasi dapat berpotensi bocor ke jaringan atau ke ruang tertentu yang tidak diinginkan.

Selain itu, pasien dengan risiko tinggi aspirasi seperti pasien yang memiliki intention tremor, kasus neurologis, atau gangguan muskuloskeletal lainnya juga tidak disarankan untuk menjalani prosedur irigasi nasal.[2,11]