Pengawasan klinis enoxaparin perlu mencakup adanya efek samping perdarahan, terutama pada pasien lanjut usia, jenis kelamin wanita, dan pasien yang mengonsumsi antiplatelet. Awasi pula adanya gangguan neurologi selama terapi atau segera setelah pasien menjalani tindakan pungsi lumbal ataupun anestesi spinal dan epidural.

Pada area injeksi, awasi adanya hematoma dan tanda perdarahan lain. Jika perlu, lakukan pemantauan berkala darah lengkap, hitung platelet, dan tes darah samar pada feses.

Peningkatan aminotransferase (SGOT dan SGPT) asimptomatik lebih dari tiga kali batas atas dilaporkan terjadi pada sekitar 6% pasien yang mendapat enoxaparin. Meski demikian, perlu diingat bahwa peningkatan aminotransferase juga dapat terjadi akibat infark miokard, gangguan hepar, atau emboli paru yang dialami pasien.