Salah satu komplikasi yang perlu dihindari pada pembuatan visum kasus kekerasan seksual pada anak adalah terjadinya secondary rape. Kondisi ini terjadi ketika seorang anak korban kekerasan mengalami trauma psikologis berulang akibat mendapat perlakuan yang seperti menyalahkan korban atau memandang korban sebelah mata.

Trauma ini juga dapat terjadi ketika korban harus mendapat pertanyaan berulang seputar kejadian yang dia alami, baik itu oleh keluarga, aparat penegak hukum, tenaga kesehatan, hingga media. Hal ini dapat dicegah oleh petugas kesehatan dengan melakukan pemeriksaan yang tidak berulang-ulang atau bertele-tele, tanpa banyak campur tangan atau akses dari pihak lain, dengan tetap menjaga privasi dan kerahasiaan korban.

Selain dari tindakan pemeriksaan itu sendiri, korban kekerasan seksual dapat tertular infeksi menular seksual dari pelaku. Apabila saat penanganan setelah pemeriksaan untuk pembuatan visum korban tidak diberikan profilaksis pascapajanan untuk HIV, beserta pemeriksaan untuk infeksi HIV, hepatitis B, dan hepatitis C, maka korban dapat mengalami infeksi tersebut di masa depan.[1,4,7]