Secara umum, kolposkopi tidak memiliki kontraindikasi spesifik. Infeksi serviks (servisitis) atau vulvovaginitis yang masih aktif harus diobati terlebih dahulu sebelum pemeriksaan kolposkopi dilakukan. Hal ini karena kondisi tersebut akan mempengaruhi pemeriksaan, baik itu hasil yang menjadi kurang akurat ataupun memicu rasa tidak nyaman saat pemeriksaan.[1,6]

Kolposkopi dapat dilakukan kapan saja, termasuk saat sedang haid, kecuali pada saat perdarahan haid yang sangat banyak. Waktu terbaik untuk pemeriksaan kolposkopi adalah saat fase folikuler saat lendir serviks dalam kondisi yang jernih. Meski demikian, dalam praktik rutin tidak diperlukan untuk menjadwalkan kolposkopi berdasarkan hari dari siklus haid. Kehamilan tidak termasuk kontraindikasi dari pemeriksaan kolposkopi. Meski demikian, kondisi penyulit pada kehamilan seperti plasenta previa harus mendapat perhatian khusus.[1,5]