Secara garis besar, sebetulnya tidak ada kontraindikasi absolut untuk tindakan swab nasal. Tindakan ini relatif aman dan jarang menimbulkan komplikasi bermakna apabila dilakukan sesuai dengan indikasi dan prosedur.

Beberapa kondisi dimana tindakan swab nasal mungkin tidak dapat dilakukan adalah pada anak dengan obstruksi saluran napas atas, pasien dengan perdarahan, dan cedera pada daerah wajah. Apabila swab nasal dilakukan pada keadaan tersebut dapat menimbulkan gangguan pernapasan atau memperparah perdarahan pada daerah hidung.[13,14]

Pada keadaan gawat darurat, tindakan swab nasal tidak diperkenankan mengganggu tata laksana pada pasien.[7,14] Selain itu, sebelum melakukan tindakan swab nasal, dokter perlu mengidentifikasi adanya kondisi medis atau obat-obatan yang meningkatkan risiko epistaksis, seperti penggunaan warfarin atau penyakit gangguan koagulasi.[4]