Mekanisme kerja chlorhexidine tergantung pada konsentrasinya. Pada konsentrasi rendah (0,02–0,06%), obat ini bekerja sebagai agen bakteriostatik yang menghambat pertumbuhan bakteri. Namun, pada konsentrasi yang tinggi (>0,12%), obat ini bekerja sebagai agen bakterisidal yang membunuh bakteri.[1,4]

Pada konsentrasi rendah, chlorhexidine memengaruhi integrasi dinding sel bakteri dan masuk ke dalam untuk menghancurkan membran sitoplasma. Kerusakan sitoplasma menyebabkan kebocoran komponen bakteri, sehingga terjadi kematian sel. Saat berada dalam konsentrasi tinggi, chlorhexidine menyebabkan sitoplasma mengeras (proses solidifikasi). Obat ini mampu menghambat perlekatan mikroorganisme pada permukaan organik (plak dental) maupun anorganik.[1,4]

Chlorhexidine tidak hanya efektif sebagai antibakteri tetapi juga efektif sebagai antivirus untuk virus dengan envelope, misalnya virus herpes simpleks, HIV, sitomegalovirus, influenza, dan respiratory syncytial virus (RSV). Namun, obat ini kurang efektif terhadap virus yang tidak memiliki envelope (rotavirus, adenovirus, dan enterovirus).[4]

Farmakokinetik

Absorbsi chlorhexidine akan tergantung pada sediaan yang digunakan, yaitu sediaan oral atau topikal. Secara umum, absorbsi obat ini terjadi secara minimal, sehingga tidak terjadi metabolisme yang bermakna. Mayoritas obat ini (90%) dieliminasi melalui feses.

Absorbsi

Pada penggunaan chlorhexidine glukonat sebagai cairan kumur, sekitar 30% zat aktif akan tetap bertahan dalam kavitas oral meskipun sebagian besar obat telah diludahkan keluar dan mulut telah dibilas. Zat aktif ini selanjutnya akan bercampur dengan cairan oral. Namun, absorbsi di saluran cerna dilaporkan minimal.[9,10]

Chlorhexidine yang digunakan secara topikal di kulit akan berikatan dengan protein kulit dan menghasilkan efek antimikroba. Namun, absorbsi sistemik pada sediaan ini juga dilaporkan sangat minimal.[3]

Distribusi

Sediaan oral chlorhexidine tidak boleh ditelan. Akan tetapi, menurut studi, kadar puncak dalam plasma dapat tercapai dalam 30 menit setelah ingesti chlorhexidine sebesar 300 mg. Setelah 12 jam, obat tidak lagi terdeteksi dalam plasma.[1,9]

Metabolisme

Chlorhexidine tidak diabsorbsi dengan baik dalam saluran pencernaan, sehingga obat ini tidak mengalami konversi metabolik dalam jumlah yang signifikan.[1,7]

Eliminasi

Chlorhexidine glukonat dieliminasi melalui feses (sekitar 90%) dalam waktu 31–53 jam. Selain itu, sekitar <1% chlorhexidine yang tertelan diekskresikan melalui urine.[1,5,9]