Pengawasan klinis pada penggunaan fluphenazine bertujuan untuk monitoring efek samping yang mungkin terjadi, seperti gejala ekstrapiramidal, gejala antikolinergik, aritmia, depresi sistem saraf pusat, dan diskrasia darah. Selain itu, monitor juga perlu dilakukan terkait hipotensi dan perubahan metabolik yang mungkin timbul, contohnya kenaikan berat badan.

Pasien yang menerima fluphenazine perlu menjalani pemeriksaan status mental, tanda vital, berat badan, body mass index (BMI) dan lingkar pinggang berkala, dimulai dari awal terapi, setiap kunjungan berikutnya selama 6 bulan, dan 3 bulan sekali setelahnya. Periksa juga kadar glukosa darah, HbA1c, dan profil lipid.

Pemeriksaan jantung, fungsi liver, dan fungsi ginjal juga perlu dilakukan secara berkala setiap tahunnya atau dengan frekuensi lebih sering bila diindikasikan. Bila blood urea nitrogen (BUN) melebihi nilai rujukan, hentikan obat. Pemeriksaan hitung darah juga perlu dilakukan untuk memonitor diskrasia darah. Hentikan obat bila hitung neutrofil absolut <1000 sel/mm³.