Patofisiologi hipopigmentasi pascainflamasi disebabkan oleh penurunan produksi melanin akibat peningkatan mediator inflamasi. Patofisiologi sepenuhnya masih belum dimengerti, karena masing–masing individu memiliki respon yang berbeda terhadap inflamasi kulit. Berbagai penelitian mengungkapkan bahwa kejadian hipopigmentasi pascainflamasi bervariasi berdasarkan genetik individu.[1,3]

Melanosit dapat bereaksi normal, meningkatkan, atau menurunkan produksi melanin sebagai respon terhadap inflamasi atau trauma pada kulit. Pada individu dengan tendensi kromosom melanosit lemah, biasanya lebih berisiko mengalami kerusakan melanosit apabila terjadi inflamasi atau trauma kulit, sehingga berpotensi timbulnya hipopigmentasi pascainflamasi.[1,3]

Inflamasi atau trauma pada kulit menginduksi mediator inflamasi yang dapat mengganggu melanogenesis, sehingga produksi melanin terhambat. Patofisiologi hipopigmentasi pascainflamasi lebih disebabkan oleh inhibisi melanogenesis, bukan karena destruksi melanosit. Akan tetapi, apabila inflamasi cukup berat dapat terjadi kerusakan bahkan kematian melanosit, biasanya perubahan pigmentasi ini dapat terjadi permanen.[1,3]