Epidemiologi hipotiroid kongenital secara global sekitar 1 dari 2.000−3.000 kelahiran hidup. Sedangkan insidensi  di Indonesia sekitar 1 dari 2.513 dari kelahiran hidup.

Global

Angka kejadian hipotiroid kongenital secara global adalah 1:2.000 sampai 1:3.000 kelahiran hidup, di mana angka ini berdasarkan hasil skrining hipotiroid pada semua bayi baru lahir. Sedangkan pada era sebelum skrining hipotiroid kongenital dilakukan rutin pada bayi baru lahir, (akhir 1970 ‒  awal 1980) angka kejadian mencapai 1:6.700 kelahiran hidup.[2,8]