Salah satu komplikasi utama adalah infertilitas, yang umum terjadi pada kondisi seperti disgenesis gonad atau sindrom Turner, di mana ovarium tidak berfungsi dengan normal. Pasien dengan amenorrhea primer juga sering mengalami keterlambatan atau kegagalan perkembangan pubertas, serta gangguan pertumbuhan tulang yang menyebabkan tinggi badan yang pendek dan berisiko lebih tinggi terhadap osteoporosis atau osteopenia.

Komplikasi kardiovaskular juga menjadi perhatian serius, terutama pada kondisi yang terkait dengan defisiensi estrogen, seperti pada sindrom Turner atau sindrom Swyer. Penurunan kadar estrogen dapat meningkatkan risiko penyakit jantung, hipertensi, dan gangguan lipid. Selain itu, pada beberapa kondisi seperti sindrom insensitivitas androgen (AIS) dan disgenesis gonad 46,XY, ada risiko tinggi terjadinya transformasi ganas pada gonad.

Dari sisi psikologis, amenorrhea primer dapat menyebabkan dampak emosional yang signifikan, termasuk depresi, kecemasan, dan gangguan citra tubuh, terutama pada remaja yang mengalami pubertas tertunda atau tidak berkembang sesuai dengan harapan sosial dan budaya.[2-5]

Prognosis

Pada kasus yang disebabkan oleh kelainan anatomis seperti himen imperforata atau agenesis Müllerian, prognosis umumnya baik setelah dilakukan koreksi bedah, dengan kemungkinan perkembangan pubertas normal dan pemulihan fungsi menstruasi. Pada kondisi seperti hipogonadisme hipogonadotropik, terapi hormon pengganti dapat menstimulasi pubertas dan mempertahankan kesehatan tulang serta sistem reproduksi. 

Namun, pada kondisi genetik yang tidak bisa diobati, seperti sindrom Turner atau disgenesis gonad 46,XY, pasien mungkin menghadapi infertilitas permanen dan memerlukan pengelolaan jangka panjang dengan terapi hormon seumur hidup. Meskipun terapi penggantian hormon dapat meningkatkan kualitas hidup pasien dan mencegah komplikasi terkait kekurangan hormon, beberapa risiko jangka panjang tetap ada.[2-5,11,12]