Patofisiologi balanoposthitis mencakup patofisiologi spesifik dan non spesifik. Balanoposthitis spesifik tergantung dari penyebabnya, yaitu proses inflamasi, alergi, infeksi, autoimun, atau sekunder akibat trauma dan keganasan. Balanoposthitis nonspesifik sering terjadi akibat proses kelembaban yang terjadi di area genital sebagai akibat dari keringat, urin, atau smegma yang terdapat di preputium. Kebersihan yang buruk juga dapat menciptakan lingkungan yang bagus untuk berkembangnya bakteri dan jamur penyebab balanoposthitis.[6]

Beberapa organisme penyebab balanoposthitis telah diketahui. Namun, pengobatan dari balanoposthitis akan dilakukan secara empiris terlebih dahulu tanpa menentukan organisme penyebabnya. Infeksi jamur Candida albicans adalah infeksi yang paling sering terjadi. Penyebab lain seperti psoriasis dan reaksi alergi juga dapat menyebabkan balanoposthitis. Bila kondisi balanoposthitis tidak ditangani segera, maka akan menyebabkan terjadi edema local. Edema local bersamaan dengan reaksi inflamasi akan menyebabkan terjadinya komplikasi berupa perlekatan kulit preputium. Pada orang dengan immunocompromised seperti diabetes dan HIV, proses infeksi akan terjadi lebih parah.[7,10]