Kontraindikasi autopsi adalah kematian wajar yang tidak memiliki indikasi autopsi. Pada autopsi klinis, penolakan keluarga juga menjadi kontraindikasi.

Autopsi forensik dilakukan untuk penegakan hukum, sehingga wewenang permintaan autopsi ada pada penyidik. Persetujuan keluarga tidak diperlukan pada autopsi forensik, sehingga penolakan keluarga bukan merupakan kontraindikasi autopsi forensik. Akan tetapi, penyidik wajib memberi tahu keluarga mengenai rencana autopsi dan memberi edukasi mengenai maksud serta tujuan autopsi forensik.[3,5]

Pada autopsi klinis, tindakan dilakukan berdasarkan persetujuan tertulis pasien semasa hidup maupun persetujuan tertulis keluarga terdekat pasien. Bila persetujuan ini tidak didapatkan atau ada penolakan dari keluarga, autopsi klinis tidak dapat dilakukan.