Komplikasi pemeriksaan USG transvaginal umumnya tidak memiliki efek samping selama tepat indikasi. Pada beberapa pasien, pemeriksaan USG transvaginal mungkin akan terasa tidak nyaman dan memicu sedikit vaginal discharge akibat penggunaan gel lubrikan. Akan tetapi,  kondisi ini akan berhenti kurang dari 24 jam.[1,3]

Komplikasi kontaminasi silang antar pasien dapat dicegah dengan cara tranduser ditutup dengan penutup seperti kondom lateks sekali pakai, dan direndam dalam cairan desinfektan setiap selesai digunakan. Untuk sterilisasi transduser harus mengikuti pedoman dari produsen USG transvaginal. Sedangkan komplikasi rasa tidak nyaman dapat dicegah dengan meminta pasien rileks.[1,4]

Kontraindikasi USG transvaginal, seperti ketuban pecah dini (KPD) dan perdarahan pervaginam misalnya pada plasenta previa, harus diidentifikasi. Hal ini dilakukan untuk mencegah risiko chorioamnionitis pada pasien KPD dan manipulasi berlebih pada plasenta previa.[21]