Komplikasi pemeriksaan kultur sputum sangat jarang terjadi, terutama jika sampel diambil dengan metode non-invasif seperti batuk spontan.

Jika sputum diambil menggunakan  bronkoskopi, maka komplikasi dapat terjadi terkait dengan tindakan bronkoskopi. Komplikasi tindakan bronkoskopi bergantung pada faktor pasien, pengalaman operator, atau terkait anestesi. Komplikasi bronkoskopi hanya terjadi pada <1% kasus. Potensi komplikasi mencakup perdarahan, depresi napas, aritmia jantung, dan pneumothorax.[5,6]