Pengawasan klinis yang harus dilakukan pada saat pemberian mercaptopurine atau merkaptopurin terutama adalah pengawasan terjadinya remisi kanker maupun efek samping. Pengawasan yang harus dilakukan adalah:

• Pemeriksaan darah lengkap dilakukan setiap hari pada tahap induksi remisi leukemia. Dilakukan minimal satu kali seminggu pada tahap terapi pemeliharaan (maintenance therapy), dan dilakukan lebih sering apabila merkaptopurin diberikan dalam dosis tinggi atau pasien memiliki gangguan ginjal dan/atau gangguan hati
• Monitoring fungsi hati, terdiri dari kadar serum transaminase, alkaline fosfatase, dan bilirubin, dilakukan setiap minggu pada awal terapi merkaptopurin lalu dilanjutkan dengan interval setiap bulan
• Pemeriksaan fungsi ginjal perlu dilakukan sebelum pemberian merkaptopurin, terutama pada pasien berusia lanjut[3,4,12,14]