Pengawasan klinis pada penggunaan propiltiurasil (PTU) antara lain data dasar nilai thyroid stimulating hormone (TSH) dan kadar tiroksin bebas (Ft4). Kadar tiroksin bebas ini akan dinilai kembali pada minggu keempat bersamaan dengan triiodotironin (T3).

Fungsi tiroid akan diperiksa secara rutin setiap 4–8 minggu sampai mencapai kondisi eutiroid. Setelah kondisi eutiroid tercapai, pemeriksaan dapat dilakukan 2–3 bulan sekali. Jika penggunaan PTU ingin diberhentikan, antibodi reseptor tirotropin biasanya diperiksakan.[8]

Selain memantau perbaikan klinis, pasien yang menggunakan PTU juga perlu dipantau fungsi heparnya terutama pada 6 bulan pertama pemakaian. Pemantauan terhadap gejala gangguan hepar seperti nyeri perut, penurunan nafsu makan, ikterus, perubahan warna feses menjadi seperti dempul, dan pruritus perlu dilakukan secara berkala.