Pengawasan klinis pada penggunaan nizatidine diperlukan terkait respons terhadap terapi, adanya efek samping, tanda hipersensitivitas, dan overdosis. Terapi dengan nizatidine untuk ulkus duodenum dan ulkus peptikum dilakukan selama maksimal 8 minggu, sementara itu untuk gastroesophageal reflux disease (GERD) terapi diberikan maksimal 12 minggu. Apabila respons terapi baik, maka pengobatan dapat dihentikan karena penggunaan jangka panjang dapat menyebabkan defisiensi vitamin B12 dan peningkatan serum aminotransferase transien.[1,4,7]

Efek samping pada penggunaan nizatidine cukup jarang terjadi, umumnya ringan, dan dapat membaik dengan penghentian obat. Efek samping yang paling banyak dijumpai adalah diare, konstipasi, kelelahan, mengantuk, nyeri kepala, dan nyeri otot.[1]

Penggunaan nizatidine dapat menyebabkan reaksi hipersensitivitas. Pada kasus yang jarang, dapat terjadi ruam, eosinofilia, anafilaksis, bronkospasme, dan edema laring.[7]