Pengawasan klinis penggunaan rebamipide tidak spesifik dan hanya berupa pengawasan efek samping yang dapat terjadi dalam penggunaannya. Rebamipide terbukti aman digunakan  dalam jangka panjang dan dapat ditoleransi dengan baik pada pasien. Jarang dilaporkan terjadi efek samping yang serius dalam penggunaan rebamipide.[8]

Namun, efek samping ringan yang telah dilaporkan akibat penggunaan rebamipide adalah nyeri kepala, pusing, diare, konstipasi dan nyeri perut. Efek samping lain yang lebih jarang adalah kulit kering, eksim, gatal, myalgia, arthralgia, nyeri kepala, batuk, palpitasi, nyeri orofaring, insomnia, hemangioma, leukopenia, trombositopenia, depresi, dan reaksi hipersensitivitas.[2,8]

Belum ada panduan mengenai pengawasan laboratorium dalam konsumsi rebamipide, namun pemeriksaan hematologi untuk memantau efek samping seperti leukopenia dan trombositopenia dapat dilakukan terutama pada ibu hamil dan menyusui, pasien lanjut usia, dan pasien dengan gangguan hepar.[2,3,8]