Pengawasan klinis selama penggunaan donepezil dilakukan terhadap status mental, berat badan, denyut nadi, serta gejala intoleransi atau perdarahan pada gastrointestinal. Ini karena donepezil berpotensi menyebabkan efek samping berupa kejang, neuroleptic malignant syndrome, bradikardia, dan ulkus gastrointestinal.

Lakukan juga pemantauan terhadap tanda atau gejala overdosis donepezil yang dapat menyebabkan krisis kolinergik. Overdosis ditandai dengan mual berat, muntah, berkeringat, salivasi, bradikardia, hipotensi, depresi pernapasan, kolaps, kejang, serta kelemahan otot yang dapat menyebabkan kematian jika melibatkan otot pernapasan.

Pemantauan pemeriksaan EKG diperlukan jika dicurigai terjadi toksisitas kardiovaskular, seperti bradikardia. Selain itu, pantau kadar serum elektrolit dan uji fungsi ginjal secara berkala.