Patofisiologi intususepsi atau intussusception adalah invaginasi bagian proksimal suatu segmen usus ke dalam bagian distal segmen yang berdekatan. Seiring dengan adanya gerakan peristaltik pada usus intususeptum, usus akan terdorong semakin jauh ke arah distal. Hal ini memicu kompresi pembuluh mesenterika dan limfatik.[5,6]

Kompresi pembuluh mesenterika dan limfatik menyebabkan kongesti vena dan edema jaringan, sehingga menghasilkan sekresi lendir dan perdarahan, nekrosis dinding usus, hingga perforasi. Edema yang terjadi pada intususepsi juga menghasilkan sumbatan intraluminal usus. Ketika gerakan peristaltik usus terganggu, translokasi bakteri akan terjadi dan menyebabkan sepsis serta hipovolemia pada pasien.[5,6]