Patofisiologi abses hati amuba berasal dari infeksi Entamoeba histolytica dan siklus hidupnya dalam tubuh manusia. Setelah masuk ke dalam tubuh manusia, Entamoeba histolytica dapat berbentuk tropozoit atau kista.

Kista quadrinucleate Entamoeba histolytica yang tertelan masuk ke saluran pencernaan melalui makanan dan air yang terkontaminasi dan mengalami excystation di usus kecil. Excystation diikuti keluarnya tropozoit yang invasif. Tropozoit kemudian melekat dan menginvasi mukosa usus besar menyebabkan mikroulserasi pada mukosa usus besar pada caecum, colon sigmoid, dan rektum.[2,4]

Pada sebagian besar kasus amebiasis, tropozoit membentuk kista baru dan terbatas pada lapisan mukosa usus besar. Pada beberapa kasus, ulserasi meluas ke submukosa dan membentuk ulkus dengan bentuk flask-shaped yang khas berisi tropozoit pada batas jaringan usus yang sehat dan mati. Entamoeba histolytica akan terbawa oleh sirkulasi vena portal ke hati. Selain hati, amuba dapat terbawa ke organ lain seperti paru-paru atau otak. Amuba ini bertahan di aliran darah karena resisten terhadap lisis yang dimediasi oleh komplemen.[2,4]