Patofisiologi abses perianal sebagian besar berhubungan dengan infeksi pada kelenjar kriptoglandular. Secara fisiologis, kelenjar anal dapat mengosongkan isinya ke duktus pada sfingter internal dan menuju ke kripta anal setinggi linea dentata. Jika proses pengosongan terganggu, kelenjar anal dapat mengalami infeksi.

Infeksi pada kelenjar yang statis mengakibatkan supurasi dan pembentukan abses dalam kelenjar anal. Biasanya, abses mulai terbentuk pada ruang intersfingter, kemudian dapat menyebar ke lokasi-lokasi lain.

Abses yang terbentuk dapat meluas hingga melewati sfingter anal eksternum, atau disebut sebagai abses ischiorectal. Abses juga dapat menyebar secara lateral kedua sisi perianal, menyebabkan abses yang berbentuk seperti tapal kuda atau “horseshoe”. Abses yang tidak menerima tata laksana dengan adekuat dapat mengalami komplikasi menjadi fistula ani atau menyebabkan sepsis.[2–4]