Patofisiologi keracunan makanan dibagi berdasarkan mekanisme yang mendasarinya dan patogennya. Secara umum, patofisiologi dapat dibagi menjadi toksin dan nontoksin; patogen pada usus halus dan usus besar; patogen invasif dan noninvasif.

Toksin dan Nontoksin

Beberapa patogen yang menyebabkan keracunan makanan menghasilkan toksin yang menyebabkan manifestasi keracunan. Toksin ini terbagi menjadi dua jenis, yaitu toksin yang dihasilkan sebelum ditelan dan toksin yang dihasilkan setelah tertelan.[7]