Patofisiologi uretritis non-gonore berhubungan dengan replikasi dan inflamasi bakteri seperti klamidia pada sel epitel kolumnar uretra, yang pada akhirnya menyebabkan kematian sel.

Infeksi pada uretritis non-gonore ditularkan secara seksual, tersering akibat Chlamydia trachomatis. Akan tetapi, juga bisa disebabkan oleh  Mycoplasma genitalium, Ureaplasma urealyticum, Trichomonas vaginalis, virus herpes simpleks, dan adenovirus.[2,3,8]

Agen-agen infeksius masuk ke dalam uretra melalui hubungan seksual dengan individu yang terinfeksi. Agen infeksius akan melakukan invasi melalui sekret atau duh tubuh terhadap sel epitel kolumnar mukosa uretra. Hal ini memicu sitokin proinflamasi setempat, sehingga menyebabkan radang pada uretra. Gejala yang muncul berupa duh tubuh uretra, disuria, dan rasa tidak nyaman pada uretra.[1–3]