Komplikasi akibat NIPT atau noninvasive prenatal testing umumnya tidak terjadi karena pemeriksaan ini merupakan pemeriksaan yang noninvasif terhadap janin. NIPT hanya membutuhkan sampel darah dari ibu.

Komplikasi yang mungkin terjadi adalah komplikasi minor, seperti rasa sakit di area suntikan saat prosedur pengambilan sampel darah. Perdarahan, pembengkakan, dan infeksi di area penusukan setelah pengambilan sampel darah jarang terjadi.[12]

Namun, karena NIPT merupakan skrining yang cukup memengaruhi emosi pasien, dokter perlu mempelajari cara menyampaikan kabar buruk jika hasil pemeriksaan NIPT menunjukkan risiko tinggi kelainan genetik pada janin.[9,10]