NIPT atau noninvasive prenatal testing tidak memiliki kontraindikasi khusus. Metode tes ini bersifat noninvasif terhadap janin dan hanya memerlukan pengambilan sampel darah dari ibu. Oleh karena itu, pemeriksaan ini relatif aman dilakukan.

Namun, skrining NIPT tidak boleh dilakukan tanpa persetujuan atau informed consent dari pasien untuk menghormati hak autonomi pasien. Sebelum pengambilan sampel darah, dokter perlu menyampaikan bahwa pasien mungkin akan merasa sedikit sakit pada area suntikan.[1,4]