Kontraindikasi utama  pemasangan nasal kanul adalah jalan napas yang tersumbat, baik akibat trauma hidung, penggunaan tampon hidung, atau akibat infeksi/inflamasi.

Kontraindikasi lain nasal kanul adalah pada pasien tanpa hipoksia. Penggunaan nasal kanul tanpa hipoksia justru akan menyebabkan kerusakan jaringan akibat peningkatan reactive oxygen species (ROS).

Nasal kanul juga dikontraindikasikan pada kondisi dengan kebutuhan oksigen lebih tinggi, misalnya pada gagal napas. Pada keadaan gagal napas pertimbangkan penggunaan alat yang dapat memberikan fraksi oksigen lebih tinggi, baik masker rebreathing, maupun masker non-rebreathing.[2]