Pemeriksaan USG abdomen tidak memiliki komplikasi yang signifikan. Pemeriksaan ini bersifat noninvasif, tidak melibatkan radiasi, aman, dan mudah dilakukan.

Komplikasi dari pemeriksaan USG abdomen mungkin berupa rasa nyeri saat alat transducer ditekan pada abdomen atau kegagalan diagnosis karena kesalahan operator. Prosedur ini juga dapat digunakan dalam tujuan biopsi serta pembedahan di mana pasien dapat merasa nyeri saat tindakan dilakukan. Selain itu, beberapa organ tertentu, terutama apendiks yang ⅔ bagiannya terletak retrocaecal, biasanya sulit divisualisasi.[4,12]