Pedoman klinis pewarnaan Gram adalah pemeriksaan identifikasi patogen gram negatif, positif, maupun jamur yang relatif cepat, sederhana, dan bermanfaat dalam pengambilan keputusan klinis. Walaupun begitu, interpretasi pewarnaan Gram perlu disesuaikan dengan pemeriksaan klinis dan laboratorium lain. Prosedur lain yang dapat dilakukan, mencakup pewarnaan lain, uji antigen, atau kultur sesuai indikasi.[2]

Kesalahan dalam melakukan pewarnaan Gram bisa mengakibatkan kesalahan interpretasi. Kesalahan pewarnaan dapat terjadi karena banyak hal, seperti pemanasan yang terlalu lama, preparat yang terlalu tebal, atau pencucian yang berlebihan. Kesalahan interpretasi pewarnaan Gram dapat menyebabkan kesalahan atau keterlambatan diagnosis pada penyakit infeksi.[4]

Kontraindikasi dan komplikasi pewarnaan Gram secara spesifik tidak ada. Yang perlu diperhatikan adalah adanya kontraindikasi dan kemungkinan komplikasi pada proses pengambilan sampel yang invasif, seperti pungsi vena, pungsi lumbal, dan biopsi jaringan.[7]