Kontraindikasi pewarnaan Gram lebih berhubungan dengan prosedur pengambilan sampel, seperti instabilitas hemodinamik pada sampel bronkoskopi dan risiko herniasi pada pungsi lumbal. Pewarnaan Gram tidak memiliki kontraindikasi spesifik.

Pada pengambilan sampel menggunakan bronkoskopi, perlu diperhatikan kontraindikasi seperti hipoksia berat, ketidakstabilan hemodinamik, riwayat infark miokard, gangguan perdarahan berat, dan pasien yang tidak kooperatif.[6]

Kontraindikasi pengambilan sampel dengan pungsi lumbal mencakup risiko herniasi akibat space occupying lesion, peningkatan tekanan intrakranial, malformasi Arnold-Chiari, risiko perdarahan, kelainan vertebra kongenital, gangguan kesadaran, defisit neurologis fokal, kejang yang baru terjadi, papilledema, dan adanya infeksi lokal pada kulit di lokasi pungsi.[7]