Komplikasi yang dapat muncul pada pewarnaan Gram berkaitan dengan proses pengambilan sampel, seperti nyeri, hematoma, dan infeksi. Tidak ada komplikasi pewarnaan Gram secara spesifik.

Komplikasi misalnya dapat terjadi pada tindakan flebotomi, seperti nyeri, hematoma, pingsan, kerusakan saraf, dan infeksi. Pada pungsi lumbal, komplikasi yang dapat timbul seperti sakit kepala, nyeri punggung, herniasi otak, perdarahan, dan infeksi.[7,11]

Pengambilan sampel menggunakan bronkoskopi juga dapat menyebabkan komplikasi seperti toksisitas anestesi lokal, efek samping hemodinamik sedatif, perdarahan, pneumothorax, aritmia, trauma pada pita suara, dan hipoksia.[6]