Pedoman klinis panendoskopi yang perlu diperhatikan adalah prosedur panendoskopi tidak disarankan untuk dilakukan secara rutin pada semua pasien dengan tumor kepala leher. Perlu dipertimbangkan besarnya manfaat berbanding risiko komplikasi, biaya, serta ketersediaan modalitas penunjang lain yang lebih tidak invasif. Meskipun prosedur ini memerlukan waktu yang tidak lama dan risiko komplikasi relatif kecil, panendoskopi telah dihubungkan dengan komplikasi jantung, jalan napas, dan pulmonal serius.

Selain itu, perhatian khusus diperlukan pada pasien yang sedang dalam terapi pengencer darah, seperti warfarin, aspirin, clopidogrel, atau dipyridamole, karena adanya risiko perdarahan yang bisa menjadi penyulit selama tindakan.[2,7]