Pengawasan klinis yang harus dilakukan selama penggunaan flumazenil adalah ada atau tidaknya reverse gejala-gejala sedasi benzodiazepin. Hilangnya gejala sedasi ini merupakan tanda keberhasilan terapi. Setelah itu, dokter perlu memperhatikan ada atau tidaknya rekurensi sedasi. Efek sisa benzodiazepin dapat terjadi hingga 120 menit setelah pemberian, terutama pada pasien yang menerima benzodiazepin kerja panjang atau benzodiazepin kerja pendek dosis besar.[1,6]

Dokter juga harus melakukan pemantauan berkala pada pasien yang mendapatkan flumazenil. Pemantauan tersebut meliputi pemeriksaan tingkat kesadaran (dapat diukur dengan Glasgow Coma Scale), tanda vital, tanda depresi pernapasan, patensi airway, dan efek samping berupa kejang.[1,6]