Pengawasan klinis azathioprine perlu dilakukan terutama pada pasien dengan penggunaan azathioprine jangka panjang seperti dengan pemeriksaan darah lengkap periodik. Pengawasan klinis yang dibutuhkan dalam penggunaan azathioprine meliputi:

• Azathioprine umumnya menunjukkan efektivitas pada 6-8 minggu penggunaan. Bila setelah 3 bulan penggunaan tidak ada perbaikan yang didapat, pertimbangkan untuk hentikan konsumsi obat
• Sebelum mengonsumsi obat, pemeriksaan aktivitas enzim thiopurine S-methyltransferase (TPMT) dapat dipertimbangkan. Tindakan transfusi darah dapat menyebabkan misklasifikasi fenotip TPMT
• Pemeriksaan darah lengkap, termasuk pemeriksaan trombosit, serta pemeriksaan fungsi ginjal sangat disarankan dilakukan setiap minggu selama pemakaian 2 bulan pertama, lalu setiap 3 bulan[5]
• Pada pasien dengan gangguan ginjal disarankan untuk menjalankan pemeriksaan hitung darah lengkap dan fungsi ginjal lebih sering, begitu pula pada lansia yang mengonsumsi dosis azathioprine atau dengan aktivitas TPMT yang tinggi
• Pada pasien dengan tanda leukopenia, trombositopenia, atau transaminitis, penggunaan obat harus dihentikan[5]
• Bila pasien mengalami gejala nyeri perut atau mual muntah yang berat, pemeriksaan serum amilase dapat dilakukan untuk mengeksklusikan kemungkinan pankreatitis

Pasien juga harus diinformasikan untuk menghubungi dokter bila terdapat tanda-tanda perdarahan oleh sebab yang tidak dapat dijelaskan.[5,14]