Pengawasan klinis benzoyl peroxide dilakukan terkait respon klinis, yakni menyesuaikan frekuensi dan konsentrasi pemberian sesuai dengan perbaikan lesi acne vulgaris yang dialami pasien. Sebaiknya gunakan sediaan benzoyl peroxide dengan konsentrasi rendah, kemudian dapat dititrasi sesuai keperluan.

Selain itu, pengawasan klinis juga dilakukan terkait efek samping. Walaupun jarang, benzoyl peroxide telah dikaitkan dengan reaksi alergi dan iritasi berat, termasuk angioedema dan anafilaksis. Hentikan penggunaan jika reaksi tersebut dicurigai.[1,4,11]