Patofisiologi granuloma piogenik, terlepas dari nama yang menunjukkan etiologi infeksi, masih belum diketahui persis. Sel-sel endotel granuloma piogenik telah dilaporkan mengekspresikan CD34, ICAM-1, dan VCAM-1.

Mutasi Gen

Mutasi dari BRAF (B-Raf proto-oncogene serine/threonine kinase) telah diidentifikasi pada beberapa kasus granuloma piogenik. Hal ini menjelaskan terjadinya granuloma piogenik pada pasien melanoma yang diobati dengan inhibitor BRAF, seperti vemurafenib atau encorafenib.[11]