Patofisiologi Crohn’s disease atau penyakit Crohn masih belum diketahui pasti. Namun, beberapa teori menyebutkan bahwa penyakit ini berkaitan dengan infeksi spesifik persisten, disbiosis, defek fungsi barier mukosa, defek klirens mikrobial, dan penyimpangan regulasi imun.[4]

Tanda khas pada Crohn’s disease adalah inflamasi transmural yang dapat terjadi di sepanjang saluran cerna; tetapi paling sering terlihat pada ileum terminal dan kolon dekstra. Hal ini berbeda dengan kolitis ulseratif yang hanya terjadi di kolon.[6]

Crohn’s disease diawali dengan infiltrasi kripta usus yang kemudian menjadi ulserasi pada mukosa superfisial dan semakin meluas ke bagian profundus. Inflamasi terus berlanjut dan menyebabkan granuloma yang meliputi seluruh lapisan usus sehingga tampak cobblestone appearance dengan beberapa area usus yang memiliki mukosa normal (skip lesions).[6]