Patofisiologi omfalitis dipengaruhi oleh devitalisasi tali pusat neonatus, sehingga menjadi tempat yang baik untuk tumbuhnya bakteri. In utero, tali pusat berperan sebagai penghubung antara janin dengan ibu untuk membawa oksigen serta nutrisi. Setelah bayi lahir, umbilikus diputus, dan biasanya akan terlepas sendiri dalam waktu 5–15 hari.

Sisa tali pusat neonatus akan terpapar dengan bakteri segera setelah lahir. Adanya bakteri ini berguna untuk menarik sel-sel imun yang akan membantu proses pelepasan tali pusat neonatus. Tetapi, bakteri ini juga berpotensi menyebabkan infeksi pada pangkal tali pusat, menyebabkan omfalitis. Jika terjadi infeksi dan omfalitis tidak ditatalaksana, maka infeksi dapat menyebar melewati jaringan subkutan ke plana fascia, otot dinding abdomen, bahkan memasuki pembuluh darah umbilikus, menyebabkan nekrosis fasciitis dan sepsis.[2,4]