Tidak ada kontraindikasi absolut untuk pemeriksaan bilirubin karena pemeriksaan ini bersifat sederhana dan aman. Namun, karena pemeriksaan bilirubin yang paling umum dilakukan adalah pemeriksaan menggunakan sampel darah, kontraindikasi mungkin berkaitan dengan tindakan pengambilan darah itu sendiri.

Kontraindikasi relatif untuk tes bilirubin yang berkaitan dengan prosedur pengambilan darah adalah risiko perdarahan yang sulit dikendalikan dan adanya infeksi atau jaringan parut pada lokasi pengambilan darah. Apabila ada infeksi pada lokasi injeksi, sampel dapat diambil dari tempat lain. Penggunaan antikoagulan seperti warfarin dan heparin dapat mengakibatkan risiko perdarahan yang lebih tinggi sehingga klinisi perlu waspada bila pasien menggunakan obat-obatan tersebut.[3,5]