Umumnya tidak ada kontraindikasi untuk pemeriksaan fisik genitalia wanita, terutama untuk organ genitalia eksterna. Pemeriksaan ini merupakan prosedur sederhana dan noninvasif sehingga tidak memiliki risiko bermakna. Namun, tidak adanya informed consent dapat menjadi kontraindikasi absolut.

Pada kelompok wanita tertentu seperti wanita hamil dengan usia kehamilan kurang dari 36 minggu, kehamilan menjadi kontraindikasi pemeriksaan organ genitalia interna dengan teknik bimanual dan dengan spekulum karena dapat menyebabkan infeksi, ruptur membran amniochorionic, dan persalinan preterm.[4,5]