Tidak ada kontraindikasi absolut untuk melakukan transplantasi sumsum tulang atau bone marrow transplant.[1] Meski demikian, perlu diingat bahwa rasio manfaat dan risiko transplantasi sumsum tulang akan berbeda pada masing-masing pasien. Oleh karenanya, pertimbangan untuk melakukan transplantasi sumsum tulang perlu mencakup:

• Potensi kuratif dari transplantasi sumsum tulang
• Risiko terkait penyakit, misalnya risiko rekurensi, toksisitas, dan ketersediaan alternatif tata laksana lain
• Risiko terkait pasien, misalnya usia lanjut, hematopoietic cell transplantation-specific comorbidity index, dan ketersediaan donor.

Pasien dengan gangguan jantung yang memiliki ejeksi ventrikel kiri <40%, penyakit arteri koroner dan aritmia  tidak terkontrol, serta penyakit jantung kongestif (NYHA III atau IV) tidak disarankan menjalani transplantasi sumsum tulang. Prosedur transplantasi sendiri dapat menyebabkan cedera jantung, sehingga pasien dengan gangguan jantung akan lebih berisiko mengalami morbiditas dan mortalitas.