Fluconazole dapat menyebabkan hepatotoksisitas, sehingga pada pasien dengan gangguan fungsi hepar, tanda dan gejala yang mengindikasikan perburukan fungsi hepar perlu diawasi. Apabila dicurigai terjadi hepatotoksisitas, pemeriksaan laboratorium, seperti SGOT, SGPT, dan bilirubin perlu dilakukan.

Eliminasi fluconazole terutama melalui ginjal. Oleh sebab itu, pemantauan fungsi ginjal juga diperlukan. Pada pasien dengan gangguan fungsi ginjal, penyesuaian dosis dilakukan sesuai klirens kreatinin. Selain itu, pengawasan juga diperlukan pada pasien yang mengalami ruam kulit setelah pemberian fluconazole, untuk deteksi dini kemungkinan terjadinya sindrom Stevens-Johnson.

Pada pasien yang berisiko mengalami aritmia, dapat dilakukan pemeriksaan elektrokardiografi (EKG), karena fluconazole dapat menyebabkan efek samping berupa pemanjangan interval QT.[1,4,13]