Etiologi dari tonsilitis meliputi virus, bakteri, jamur dan spirochaeta. Etiologi utama tonsilitis adalah virus dan group A beta-hemolytic streptococcus (GABHS).

Infeksi virus merupakan etiologi utama tonsillitis. Beberapa virus penyebab tonsilitis, antara lain Rhinovirus, Influenza A, Adenovirus, virus Herpes Simpleks, virus Epstein Barr (EBV), Metapneumovirus, Respiratory Syncytial Virus (RSV) dan Parainfluenza.[1,5]

Sedangkan, bakteri menyebabkan 15-30% terjadinya tonsilitis. Sebagian besar kasus tonsilitis bakteri disebabkan oleh bakteri Streptococcus pyogenes beta-hemolitik kelompok A (GABHS). Bakteri ini melekat pada reseptor adhesin yang terletak pada epitel tonsil. Beberapa bakteri penyebab tonsilitis, antara lain Group A Streptococci, Non Group A Streptococci, Neisseria gonorrhoea, Mycoplasma pneumonia, Chlamydia pneumonia dan Corynebacterium diphtheria.[5,6]