Kontraindikasi endoskopi atau endoscopy gastrointestinal adalah kondisi hemodinamik yang tidak stabil, perforasi saluran cerna atau adanya risiko perforasi seperti pada pasien yang baru menjalani operasi saluran cerna, peritonitis, kasus koagulopati, dan penolakan pasien. Dokter perlu selalu menimbang manfaat dan risiko tindakan.

Kontraindikasi gastroskopi adalah gangguan hemodinamik, peritonitis, infark miokard akut, risiko perforasi, dan koagulopati. Pasien yang tidak kooperatif (menolak prosedur) juga menjadi kontraindikasi.[1,3]

Kolonoskopi juga dikontraindikasikan pada gangguan hemodinamik, peritonitis, infark miokard akut, riwayat operasi anastomosis kolon, dan penolakan pasien. Inflamasi aktif, misalnya pada kasus inflammatory bowel disease, bisa menjadi kontraindikasi relatif.