Pengawasan klinis jarang diperlukan pada penggunaan polymyxin B topikal. Meski demikian, dokter tetap perlu mewaspadai risiko efek samping, seperti epifora, gatal, rual, dan edema.

Pengawasan terhadap fungsi ginjal perlu diperhatikan pada pemberian polymyxin B parenteral, termasuk jumlah urin dan kadar ureum dan kreatinin darah. Jika ditemukan tanda-tanda gangguan ginjal, penggunaan polymyxin B harus segera dihentikan.

Selain terhadap fungsi ginjal, pengawasan terhadap gejala gangguan sistem saraf juga perlu dilakukan dengan memperhatikan gejala-gejalanya. Jika ditemukan gejala gangguan saraf, seperti penurunan kesadaran dan ataksia, maka pemberian polymyxin B dan obat-obat neurotoksik lainnya harus segera dihentikan.