Pada umumnya pengawasan klinis ciprofloxacin tidak diperlukan. Meski demikian, efek serius dapat muncul akibat penggunaan jangka panjang atau pasien berisiko, misalnya pasien lansia atau dengan gangguan ginjal.

Pengawasan terkait efek samping berbahaya diperlukan karena penggunaan ciprofloxacin telah dilaporkan terkait dengan munculnya  tendinitis, ruptur tendon, neuropati perifer, dan eksaserbasi myasthenia gravis.

Penggunaan ciprofloxacin dalam durasi yang lama dapat menimbulkan infeksi C.difficile. Awasi adanya diare akibat infeksi patogen tersebut. Jika infeksi C.difficile dicurigai atau dikonfirmasi, maka terapi ciprofloxacin harus dihentikan.